交通部直屬大學共有5所，分別為大連海事大學、中國民航大學、中國民用航空飛行學院、上海民航職業技術學院、廣州民航職業技術學院。

大連海事大學簡介：

大連海事大學（原大連海運學院）是交通運輸部所屬的全國重點大學，是國家“211工程”重點建設高校、國家“一流學科”建設高校，是交通運輸部、教育部、國家海洋局、國家國防科技工業局、遼寧省人民政府、大連市人民政府共建高校。學校素有“航海家的搖籃”之稱，是中國著名的高等航海學府，是被國際海事組織認定的世界上少數幾所“享有國際盛譽”的海事院校之一。大連海事大學設有航海學院、輪機工程學院、船舶電氣工程學院、信息科學技術學院、交通運輸工程學院、航運經濟與管理學院、船舶與海洋工程學院、環境科學與工程學院、法學院、外國語學院、公共管理與人文藝術學院、馬克思主義學院、理學院、體育工作部、創新創業學院、繼續教育學院（交通運輸高級研修學院）、專業學位教育學院、航海訓練與工程實踐中心、航運發展研究院、留學生教育中心、國際聯合學院（世界海事大學大連分校）等21個教學科研機構。在校本科生、研究生共計2萬余人，同時招收攻讀學士、碩士、博士學位的外國留學生。并校60多年來，學校為國家培養了各類高級專業技術人才十余萬名，其中大多數已成為我國航運事業的骨干力量。

中國民航大學簡介：

中國民航大學（Civil Aviation University of China）是中國民用航空局直屬的一所以培養民航高級工程技術和管理人才為主的高等學府，是中國民用航空局、天津市人民政府、教育部共建高校，是教育部第二批“卓越工程師教育培養計劃”高校、天津市高水平特色大學建設高校，首批入選國家級大學生創新創業訓練計劃、國家級新工科研究與實踐項目，國際航空認證委員會教育會員，國際民航組織升級版航空培訓計劃正式會員，CDIO工程教育聯盟成員單位，具有推薦優秀應屆本科畢業生免試攻讀研究生資格高校。

中國民航大學前身是1951年9月成立的軍委民航局第二民用航空學校，1956年更名為中國人民解放軍第十四航校，1958年更名為中國民用航空高級航空學校，1963年重組為中國民用航空機械專科學校，1977年更名為中國民用航空專科學校，1981年更名為中國民用航空學院，2006年5月30日，更名為中國民航大學。

中國民用航空飛行學院簡介：

中國民用航空飛行學院簡稱中飛院（CAFUC），位于四川省廣漢市，是中央部屬高校，由中國民用航空局直屬，入選聯合國重點推廣的“MPL”課程試點單位、四川省“雙一流”建設計劃。是全球辦學規模最大的飛行培訓機構，是世界上規模最大的以飛行訓練為主的學校，建校以來，中飛院已為中國民航培養了70%的飛行員、80%的機長、90%的功勛飛行員和100%的特級飛行員，被譽為中國民航飛行員的“搖籃”、中國民航管理干部的“黃埔”。

前身是創建于1956年的中國民用航空局航空學校，同年9月，更名為中國人民解放軍第十四航空學校，后又以中國民用航空高級航校、中國民用航空飛行專科學校為校名。1987年11月，升格為本科院校，更名為中國民用航空飛行學院。